La investigación en el IRD se apoya en las unidades mixtas de investigación (UMR), las unidades mixtas internacionales (UMI) y las unidades mixtas de servicio (UMS) repartidas en cinco departamentos científicos.

 Estas unidades mixtas están adscritas administrativamente a una delegación regional del IRD (zona de competencia geográfica) y dependen científicamente a uno o varios departamentos científicos del IRD.

Esta estructura se complementa con los dispositivos de investigación como los equipos jóvenes asociados del IRD (JEAI) y los laboratorios mixtos internacionales (LMI), destinados a favorecer el surgimiento de equipos o de estructuras de investigación permanentes y autónomas en el Sur.  A esto se agrega más recientemente la creación de grupos de investigación internacionales-Sur (GDRI-Sur).