Único tanto por sus misiones como por su modelo de intervención, el Instituto debe su lugar a la riqueza de los asociaciones científicas con los países del Sur.

En cincuenta países de la zona intertropical (en África, América Latina, Asia, Oceanía y el Mediterráneo), el IRD realiza investigaciones a largo plazo y en asociación científicas equitativa con las instituciones de investigación de esos países.

En efecto, la vocación del IRD está totalmente dedicada al refuerzo de las capacidades propias de la Enseñanza superior de la investigación (ESR) de los países colaboradores. Su objetivo es contribuir, por un lado, a los avances de la ciencia universal y, por otro lado, a la satisfacción de las necesidades de sus poblaciones, en particular las más vulnerables.

A través de su enfoque en los sobre los países en desarrollo (PED) y la presencia en ultramar, el IRD pretende que el conjunto de la  enseñanza superior y de la investigación francesa encarne un modelo de asociación científica equitativa, alternativo al modelo clásico de relaciones Norte-Sur, donde los investigadores de los PED permanecen a menudo subordinados a los objetivos establecidos en el Norte. La vocación del Instituto es convertirse en el motor de la proyección mutualizada de toda la RSE francesa hacia los países en desarrollo, para promover un modelo de investigación basado en la asociación en el que no se trata sólo de hacer ciencia "para" sino ahora de trabajar "con".

Salud global, gobernanza, desigualdades y pobreza, movilidades y migraciones, clima y cambios globales, océano, riesgos naturales, agricultura sostenible, biodiversidad, ecosistemas y recursos, etc., así como temas tratados en un enfoque multidisciplinario para alcanzar los Objetivos de Desarrollo Sostenible

El IRD coproduce también una ciencia de excelencia y de alto nivel, de estándar internacional, que alimenta las decisiones y las políticas públicas. Para todas las unidades mixtas de investigación (UMR) del IRD, las co-publicaciones con los científicos del Sur son dos veces más visibles que la media mundial, respectivamente 2,9 % y 15,8 % en el máximo 1 % y 10 % de los artículos citados del tema. La colaboración entre UMR del IRD y los colaboradores del Sur mejora la visibilidad de las publicaciones (análisis bibliométrico llevados a cabo en los resultados del Instituto en materia de producción académica entre 2012 y 2016).